Caracterización. El objetivo de la caracterización es describir el estado actual de los componentes natural, productivo y socioeconómico del área a ordenar. Una parte esencial de esta etapa es identificar las características del territorio que necesitan los sectores para el desarrollo de sus actividades. Cuando estas características se pueden diferenciar y medir en un mapa se le denominan atributos ambientales.

Diagnóstico. El objetivo del diagnóstico es por una parte llevar a cabo el análisis de aptitud participativo, esto es, identificar la aptitud del territorio con base en la priorización de los atributos ambientales definidos por los representantes de cada sector. El resultado es un mapa de aptitud en el que se distinguen las zonas con las mejores condiciones para el desarrollo de un sector, de las zonas menos favorables.

A partir de los mapas de aptitud, se identifican los conflictos ambientales o aquellas áreas propicias para las actividades de dos o más sectores con actividades incompatibles . La identificación de estos conflictos es uno de los elementos centrales de todo ordenamiento ecológico. Los mapas de aptitud son el insumo indispensable para establecer el patrón de ocupación del territorio que minimiza conflictos, así como establecer las estrategias necesarias para atenderlos.

Además de los análisis de aptitud y de conflictos, en la etapa de diagnóstico se identifican las áreas prioritarias que, por la importancia de los bienes y servicios que proporcionan o por sus condiciones de deterioro, requieren de la aplicación de estrategias o criterios de protección, preservación, conservación o restauración.

Pronóstico. El objetivo del pronóstico es examinar la evolución de los conflictos ambientales, con base en la exploración de alternativas de aprovechamiento de los atributos ambientales. Para ello, se analizan las consecuencias a futuro de diferentes escenarios de uso en el territorio.

Propuesta. El objetivo de la etapa de propuesta es integrar los productos de las etapas anteriores para definir una zonificación que permita que los sectores se desarrollen en las áreas de mayor aptitud y se minimicen los conflictos entre los sectores. A cada unidad de gestión ambiental (UGA) se le asignan lineamientos ecológicos, estrategias ecológicas y criterios de regulación ecológica. Los lineamientos deben reflejar la meta o estado deseable de esa unidad. Las estrategias ecológicas son las acciones, los programas o proyectos que debe aplicar el gobierno para alcanzar el lineamiento ecológico. Los criterios de regulación ecológica son las disposiciones obligatorias que deberá cumplir toda obra o actividad pública o privada que se desarrolle en ese territorio, con el objeto de minimizar los conflictos entre los sectores y procurar el mantenimiento de los bienes y servicios ambientales. Tanto las estrategias ecológicas como los criterios de regulación ecológica deben estar justificados técnica y jurídicamente y re-petar las competencias de los tres órdenes de gobierno. Es importante señalar, que en todas las etapas del estudio técnico se obtiene información y retroalimentación de los actores sociales.